Wypłata środków przez PFR jest dla przedsiębiorcy neutralna podatkowo. Przedsiębiorca może korzystać z całej kwoty finansowania. W przypadku zwrotu pożyczki, podatnicy nie będą zaliczać do kosztów uzyskania przychodów kwoty zwróconej pożyczki. Jak podkreśla MF, tak samo jak wypłata kwoty pożyczki przez PFR, jej zwrot również jest dla przedsiębiorcy neutralny podatkowo.
MF zwróciło uwagę, że koszty sfinansowane z udzielonej w ramach tarczy finansowej pożyczki kwalifikowane są do kosztów uzyskania przychodów na ogólnych zasadach. Wszystkie wydatki, które zostały pokryte ze środków przekazanych przez PFR, podlegają zaliczeniu do kosztów podatkowych, jeżeli spełniają ogólne przesłanki wynikające z ustaw podatkowych do takiej ich kwalifikacji. Kwalifikacji wydatków jako kosztów uzyskania przychodów nie zmienia także ewentualne umorzenie pożyczki.